Les principaux allergènes à surveiller dans le chocolat et les confiseries sont le lait, le soja (lécithine), les fruits à coque (noix, noisettes, amandes, etc.) et le gluten. Le lait est présent dans les chocolats au lait et certaines garnitures, le soja est utilisé comme émulsifiant, les fruits à coque sont dans les pralinés, et le gluten peut être dans les garnitures ou biscuités. La contamination croisée est un risque fréquent, même dans des produits comme le chocolat noir, à cause des ateliers de fabrication polyvalents.